Родился 17 марта 1922 года в городе Болграде Одесской области (тогда Бессарабии, входившей в состав Румынии), в бедной семье ремесленника. Сыновья: Илья Юрьевич, доктор физико-математических наук, сотрудник Российской академии наук; Алексей Юрьевич, кинорежиссер-документалист. Внучки — Анна и Софья.

Среднее образование получил в родном городе — в начальной школе и лицее «Короля Карла II». В городе Белград проживали рядом различные национальности, и поэтому Юрий Колесников с малолетства говорил на молдавском, румынском, немецком, французском и русском языках как на родных. В школе он увлекся авиацией и самостоятельно построил планер, что помогло ему поступить в авиационную школу «Мирча Кантакузино» в Бухаресте. Занятия проходили на бухарестском аэродроме Быняса. Это дало любознательному юноше возможность общаться со многими именитыми личностями. К примеру, спортивные самолеты сына монарха Михая принца Николая и его друзей находились в единственном на аэродроме бетонном ангаре школы. Возник круг знакомств, суливших молодому человеку заманчивые перспективы. Однако авиатором ему стать не довелось. Накануне Рождества 1939 года директор школы капитан Абелес «посоветовал» своему питомцу сменить место учебы за участие в деятельности антифашистской группы, разоблачавшей профашистскую политику румынского правительства.

Вернувшись в конце декабря 1939 года в Болград, Юрий Колесников работал в автомастерской и находился под наблюдением полиции. Признаться близким, что в авиацию ему путь заказан, он стыдился и продолжал носить авиационную форму. Однажды его задержали и доставили в полицию. Комиссар сразу же дал ему пощечину и обозвал самозванцем, а полицейский сержант стал спарывать с его формы нашивки, нагрудную авиационную эмблему, срывать пуговицы.

В июне 1940 года Бессарабия, захваченная в 1918 году Румынией, была освобождена и включена в состав СССР. Ю.А. Колесников принял активное участие в установлении советской власти и был избран в Горсовет Болграда, а затем включен в оперативную группу НКВД при 25 пограничном отряде Молдавского пограничного округа и выполнял разведывательные задания.

С первых часов начала Великой Отечественной войны Ю.А. Колесников вступил в бой с агрессором, как разведчик и диверсант. Поначалу был в составе оперативной группы НКВД при 25-м пограничном отряде. В июле 1941 года он был переправлен с заданием на территорию Румынии. По мере отхода частей Красной Армии от Дуная и Прута вплоть до Днепра в район Каховки, используя превосходное знание различных языков, Ю.А. Колесников не раз переходил линию фронта со специальными заданиями и успешно действовал в тылу противника. В составе спецкоманды участвовал в подготовке взрывов военных и стратегически важных объектов, которые мог захватить противник: в Херсоне это был «Крекинг-завод», в Николаеве — завод имени Марти.

В ноябре 1941 года Ю. Колесникова зачисляют в Особую группу НКВД СССР и направляют в Уфу на спецкурсы. Там он прошел подготовку для нелегальной работы во вражеском тылу. Сокурсниками были люди из разных стран, разных национальностей. В Уфе тогда находился эвакуированный из Москвы штаб Коминтерна, многие члены которого также обучались на спецкурсах. Юрий Колесников сначала состоял в советской группе, а затем его перевели в немецкую, в которой были офицеры вермахта, не принявшие гитлеровский режим, все участники событий в Испании.

В марте 1942 года лейтенант Колесников был десантирован в глубокий тыл немецко-фашистских войск для выполнения разведывательно-диверсионных задач и организации партизанских отрядов. Там он 18 месяцев выполнял специальные задания, поддерживал регулярную радиосвязь с Управлением разведки и диверсий. Случалось всякое: находился под угрозой расстрела, падал в горящем самолете во вражеском тылу, отвергал ложные разведдонесения перед главой НКВД СССР Лаврентием Берией.

С октября 1943 года Колесников — снова в тылу противника. На этот раз в партизанском соединении легендарного Ковпака. Выполнял обязанности заместителя начальника штаба по разведке. Впоследствии, когда соединение переименовали в 1-ю Украинскую партизанскую дивизию имени дважды Героя Советского Союза С.А. Ковпака, и ее командиром стал Герой Советского Союза генерал-майор П.П. Вершигора, Колесников возглавил разведку 1-го полка. После ранения начальника штаба Юрий Антонович заменил его в тяжелом бою с немецкими танками, затем стал командовать этим полком.

Партизанский разведчик не раз отличался. 2 июля 1944 года разведгруппа под его командованием, уничтожив охрану полустанка Савонна (на железной дороге Минск—Столбцы—Барановичи), захватила три эшелона с танками, самоходными орудиями, горючим, вооружением и штабными документами. Заняв оборону, разведчики удерживали полустанок и эшелоны под сильной бомбежкой противника. Организовав охрану эшелонов, Колесников передал их подошедшим войскам 4-го кавкорпуса генерала Плиева.

Через 10 дней — вновь ответственное задание, о котором так сказано в одном из документов:

«12 июля 1944 года оперативная группа в составе стрелкового батальона, эскадрона конной разведки и средств артиллерийского усиления под командованием Колесникова проводила операции в районе города Мосты Гродненской области с заданием устроить засаду на прилегающем шоссе, по которому двигались фашистские войска. Захватив железнодорожный переезд, Колесников узнал от пленного итальянца, что гарнизон города Мосты собирается отступать и в связи с этим намеревается взорвать ряд важнейших стратегических и хозяйственных объектов. Среди них — депо и, главное, железобетонный мост длиной 186 м через реку Неман. Колесников решил предотвратить его уничтожение. Стремительным ударом артиллерии партизаны перебили засевших в дзотах гитлеровцев, прикрывавших команду подрывников, которая прибыла на трех автомашинах. Овладев мостом через Неман и разминировав его, Колесников немедленно направил разведчиков на связь с частями Красной Армии. Вскоре было получено разведдонесение о приближении к городу фашистской колонны. Оценив создавшуюся обстановку, угрожающую вновь захватом противником города Мосты, Колесников в короткий срок организовал засаду. Не дав фашистской колонне развернуться в боевой порядок, партизаны разгромили ее на марше. К вечеру того же 12 июля 1944 года разведчики, посланные Колесниковым на связь с командованием наших войск, прибыли с несколькими бронетранспортерами Красной Армии, которые с ходу переправились по мосту. А в течение ночи через мост прошли войска двух наступающих корпусов нашей армии. 23 июля 1944 года в тяжелом оборонительном бою с частями 1-го танкового корпуса в составе дивизий «Мертвая голова», «Великая Германия», «Викинг» в районе города Бельска части 105-го стрелкового корпуса, не имея достаточного количества боеприпасов и техники, начали отступление. Установив в районе станции Григорьевцы связь с 95-й Сивашской гвардейской артиллерийской бригадой, оставшейся без пехотного прикрытия и несшей тяжелые потери, командование соединения организовало совместно с ней круговую оборону. До наступления темноты были отбиты три танковые атаки. В самом начале боя был тяжело ранен начальник штаба полка майор Бережной, командир полка находился в штабе дивизии. Руководство боем возглавил Колесников. Благодаря его личному мужеству и четкой организации боя все попытки противника, бросившего на участок полка до 50 танков, были отбиты с большими для него потерями... В бою совместно с артиллерией 95-й Сивашской артбригады, действия которой обеспечили партизаны 1-го полка под командованием Колесникова, было уничтожено 36 танков».

Всего за период войны Ю.А. Колесников воевал в тылу противника 32 месяца и прошел дорогами войны многие оккупированные нацистами земли РСФСР, Белоруссии, Украины, Польши и Восточной Пруссии. За смелые, отважные действия при выполнении специальных заданий и умелое руководство боевой деятельностью полка капитан Колесников Ю.А. дважды представлялся командованием партизанского соединения к званию Героя Советского Союза, но документы были обнаружены в архивах только в 1995 году, и ему было присвоено звание Героя Российской Федерации. Кроме того он отмечен и другими высокими советскими и иностранными государственными наградами, в том числе орденами Красного Знамени, Отечественной войны I степени, медалями «Партизану Великой Отечественной войны» I степени, «За победу над Германией», а также именным огнестрельным оружием, которое экспонируется в Центральном музее Великой Отечественной войны на Поклонной горе в Москве.

В послевоенный период, пойдя очередную подготовку, Юрий Антонович находился в спецкомандировке за рубежом, а после возвращения работал в Москве в издательстве литературы на иностранных языках и начал писать публицистические статьи и художественные произведения большой патриотической насыщенности.

В 1959 году Ю.А. Колесников уволился в запас по состоянию здоровья. Ныне он — полковник в отставке, Заслуженный сотрудник Службы внешней разведки.

В 1969 году Юрий Антонович принят в Союз писателей СССР, был заместителем председателя Совета по работе с молодыми литераторами. За высокий патриотизм и реализм в творчестве Ю.А. Колесников удостоен звания лауреата Международной литературной премии имени Константина Симонова. Ему присуждена Всероссийская литературная премия имени генералиссимуса А.В. Суворова.

В настоящее время Юрий Антонович ведет активную общественную работу в Союзе писателей Российской Федерации, являясь секретарем исполкома Союза писателей России, председателем комиссии по военно-художественной литературе, и работает над новой книгой. Всего он написал более 10 произведений в художественном и публицистическом жанрах литературы: «За линией фронта», «Особое задание», «Тьма сгущается перед рассветом», «Земля обетованная», «Координаты неизвестны», «Такое было время», «Лабиринты тайной войны» и другие. Некоторые из них переведены на английский, испанский, арабский и другие языки. Тираж романа «Занавес приподнят» (при объеме более 600 стр.) превысил 5 миллионов экземпляров.

В изданном в марте 2001 года романе-хронике «Лабиринты тайной войны», основанном на событиях Великой Отечественной войны, много различных персонажей, но главный персонаж — солдат-пограничник Дмитрий Гаврилов олицетворяет собирательный образ пограничников, встретивших врага на границе, с боями пробивавшихся из вражеского окружения, испытавших зверский режим немецкого концлагеря, но сохранивших верность Отечеству и проявивших в партизанском отряде героизм в борьбе с оккупантами. При написании романа были использованы документы и воспоминания участников партизанского движения, но прообразами Гаврилова стали реальные пограничники, с которыми Юрий Антонович в партизанском отряде громил немецко-фашистских оккупантов. По сюжету этой книги снят 12-серийный кинофильм.

Живет и работает в Москве.